25 мая 1865 года в семье Джона и Эльмиры Мотт родился сын Джон. Отец мальчика был торговцем лесом и мэром небольшого городка в Айове.

В возрасте 16 лет Джон-младший поступил в методистский Университет верхней Айовы, а в 1885 году перевелся в Корнелльский университет. В университете начал работать в организации Христианской Ассоциации Молодых Людей (ХАМЛ), и возглавил университетское отделение ассоциации, а в 1886 году представлял его на международной христианской конференции. Окончив университет в 1888, занял пост национального секретаря ХАМЛ США и Канады.

В 1895 году основал Всемирную ассоциацию христианских студентов и был ее генеральным секретарем.

В 1910 году был председателем состоявшейся в Эдинбурге Всемирной миссионерской конференции, объединившей протестантские церкви всего мира. Затем был членом ее постоянной комиссии, председатель международного миссионерского совета.

В 1916 году был направлен с дипломатической миссией в Мексику, а в 1917 году, во время революции отправлен в Россию в составе миссии Рута.

В 1946 году Джон Рэлей Мотт был награжден Нобелевской премией мира «за миссионерскую деятельность». В 1948 году участвовал в создании Всемирного совета церквей, а также был избран его почетным председателем.